厦门市妇幼保健院的前身是创建于1959年的厦门市妇幼保健所。厦门市卫生局于1959年7月14日成立厦门市妇幼保健所，租用古城西路139号一楼私房一厅两房作为临时办公用房。

　　1964年，市妇幼保健所迁至思明西路14号，楼层共有三层300平方米。

　　“文革”期间，市妇幼保健所和全市妇幼保健机构被迫“斗、批、散”，机构合并于厦门市卫生防疫站，人员下放农村、基层，妇幼保健工作全部停顿。1974年5月，重新恢复，机构附属于后江埭第一门诊部。

　　1976年，暂借厦门卫校的一个教室办公，工作人员10人。设有妇幼保健、儿童保健和行政三股，业务逐渐扩大。

　　1979年，省厅拨出基建专款11万元，在公园西路6号兴建六层办公楼1座，建筑面积2400平方米，1980年1月落成，人员编制25人。

　　1996年，市政府将改善妇幼保健所条件列入该年为民办实事项目。经上级批准，厦门市妇幼保健所更名为厦门市妇幼保健院，规格为副县（处）级。

　　1998年，医院妇保部迁入溪岸路174号，儿保仍在公园西路6号，共占地900平方米，建筑面积3200平方米。因该业务用房经加固后仍被省定为存在结构隐患工程，要求进行挂牌整改，因此，不能开展病床，工作人员只有94人。

　　2002年，医院租用太平洋广场三楼开展工作（年租金100万），建筑面积4745平方米。2003年，厦门市政府对全市医疗资源的调整，同意医院的机构规格升格为县（处）级。是年，上级批复同意市妇幼保健院使用第二名称——“厦门市林巧稚妇儿医院”，同时将厦门市妇幼保健院定位三级医院。

　　2003年12月28日，新院落成典礼暨林巧稚妇儿医院揭牌仪式隆重举行。医院步入了发展的快车道。

　　2004年5月，医院正式迁入镇海路10号，使用面积14040平方米，这是市妇幼保健院发展史上的一个里程碑，部分缓解了医院业务用房紧张的问题。同年，省卫生厅同意厦门市妇幼保健院床位数由60张增加至150张。

　　2005年，为完善我市公共卫生体系，满足群众对妇幼保健、医疗的需求，市政府研究同意扩建市妇幼保健院。该二期扩建工程被列入省、市重点建设项目，总投资1.39亿元，建成后医院建筑面积近6万平方米。

　　2006年6月3日，厦门市妇幼保健院、林巧稚妇儿医院二期工程开工奠基，改建门诊大楼、新建二十层综合大楼。

　　2007年2月5日，市妇幼保健院改建工程门诊楼启用，为医院增加了近1万平方米的业务用房，床位增至302张。

　　2009年2月，新医疗保健综合楼启用，医院建筑面积增至6.1万平方米，床位增至500张，2012年2月，床位增至700张，成为闽西南规模最大、条件最好的妇幼保健院。